疾病的发生，从根本上说是阴阳的相对平衡遭到了破坏，即阴阳的偏盛偏衰代替了正常的阴阳消长。砭术治疗的最终目的是使人体恢复阴阳平衡的状态。
人的生理分阴阳，脏腑分阴阳，经络分阴阳。病理状态中有阴虚、阳虚；阴盛、阳盛。阴之不足会致使阳之有余；阳之不足，也会出现相对阴盛症状。因此平衡阴阳，使之调和，不偏不盛，不虚不亏为治疗目标。
砭术平衡阴阳的方法分为阳证治阳、阴证治阴；阳证治阴、阴证治阳和阴阳同治。
砭术治疗阳盛之证采用手足三阳经刮法、拍法，抑阳降火清实热。阳虚之证采用阳经、皮部熨法，以助温经通络，补虚祛寒。治疗阴虚之证通过手足三阴经振法以滋阴清虚火。阴阳俱虚之证采用阴阳双补之法。在平衡阴阳中仍以益气活血、疏通经络、扶正祛邪治法为前提，阴阳为总纲。